در پی ارتحال عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت الله مهدوی کنی رضوان الله علیه، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام تسلیتی، با اشاره به نقش آفرینی شجاعانه این یار صادق و وفادار امام بزرگوار در همه عرصه های مهم کشور، تأکید کردند: این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و همه ی وزن وزین خود را در همه ی حوادث این سالها در کفه ی حق و حقیقت نهاد. 
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است: 

بسم الله الرحمن الرحیم 
با تأسف و تأثر اطلاع یافتیم که عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت الله آقای حاج شیخ محمد رضا مهدوی کنی رضوان الله علیه دار فانی را وداع گفته و دوستان و ارادتمندان خود را داغدار کرده است. این عالم بزرگوار از جمله ی نخستین مبارزان راه دشوار انقلاب و از چهره های اثرگذار و یاران صمیمی نظام جمهوری اسلامی و از وفاداران غیور و صادق امام بزرگوار بود و در همه ی عرصه های مهم کشور در دوران انقلاب شجاعانه و با صراحت تمام نقش آفرینی کرد. از عضویت در شورای انقلاب و سپس تشکیل کمیته های انقلاب در آغاز تأسیس نظام اسلامی تا تصدی وزارت کشور و سپس قبول نخست وزیری در یکی از سختترین دورانهای جمهوری اسلامی، تا ورود در عرصه ی تولید علم و تربیت جوانان صالح و تأسیس دانشگاه امام صادق ( ع) و تا امامت جمعه تهران و سرانجام ریاست مجلس خبرگان، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصی و انگیزه های جناحی و قبیله ئی را به حیطه ی فعالیتهای گسترده و اثرگذار خود راه نداد. 
این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه ی وزن وزین خود را در همه ی حوادث این ده ها سال در کفه ی حق و حقیقت نهاد و در دفاع از راه و سیره ی انقلاب و نظام، کوتاهی نورزید. رحمت و رضوان الهی بر روان پاک او باد. 
اینجانب به خاندان گرامی و برادر عالیقدر ایشان، و به مردم ایران و روحانیت عظیم الشأن و همه ی ارادتمندان و شاگردان و دست پروردگان آن مرحوم صمیمانه تسلیت میگویم و علو درجات وی را از خداوند متعال مسألت مینمایم.

سید علی خامنه ای 
29 مهر 1393